( SITE-Seq 流程)
SITE-Seq是一种生物化学检测方法,因此基因组DNA可以通过一系列sgRNP浓度进行消化,从最低到最高,从而可以进行高分辨率和低切割灵敏度的脱靶位点鉴别,这样研究人员就可以细致全面的检查细胞中可能的脱靶位点,检测突变频率和功能性细胞影响。而且SITE-Seq也能创建高度富集sgRNP切割片段的测序文库,帮助以最小的读取深度进行特异性分析,这是将SITE-Seq作为高通量指导选择工具的一个至关重要的特征。
最终,研究人员利用SITE-Seq来描绘了一组sgRNP生化切割的图谱,检测了靶向人类基因组的sgRNA的Cas9特异性,这些位点的数目取决于sgRNA序列和核酸酶浓度,在较低浓度下鉴定的位点显示出细胞中脱靶突变的倾向性较高,脱靶位点列表也指出细胞内Cas9活性受到sgRNP递送,细胞类型和暴露于核酸酶的持续时间的影响。
这项研究证明SITE-Seq方法可以用于识别基因组DNA中的剪切位点序列,而我们在评估核酸酶活性和特异性时,可以将脱靶位点生化简单方法,与单独的细胞活性检测方法相结合,这样能得到更好的效果。
CRISPR各路公司
Caribou Biosciences与Editas Medicine、CRISPR Therapeutics是致力于CRISPR技术应用开发的三家主要公司之一。2013年11月25日,CRISPR先驱张锋依靠4300万美元的风投创办了 Editas Medicine,CRISPR女神 Jennifer Doudna也是联合创始人。张锋获得CRISPR专利之后,Jennifer Doudna与公司中断关系,并将自己的知识产权授权给了Intellia Therapeutics,同时创立了Caribou Biosciences。
Intellia Therapeutics
“开发潜在的治疗性基因编辑治疗,积极改变那些生活在生命边缘的患者生活”
Intellia Therapeutics成立与2014年,总部位于美国马萨诸塞州剑桥市,专注于利用生物工具CRISPR / Cas9系统开发专有的潜在治疗药物。作为Editas Medicine最强大的竞争对手,Intellia获得了CRISPR先驱之一的女科学家Jennifer Doudna授权的相关知识产权。
Caribou Biosciences
“将科学专业知识与诚信、质量体系相结合,提供满足或超越客户期望的有益安全产品”
位于美国加利福尼亚州的Caribou Biosciences是一家专注基因工程的生物技术公司,开发细胞工程和分析的尖端解决方案。公司的CRISPR-Cas9技术平台将CRISPR系统作为原核适应性免疫的一种形式,入侵噬菌体、质粒。当Cas9与引导RNA配对时,可以切割双链DNA,从而对DNA进行特异性的改变。这些位点特异性DNA修饰可用于进行复杂的基因敲除。
Caribou利用CRISPR-Cas基因编辑技术正在转化生物研究,开发新的生物基产品。公司的研究平台有能力在不同的细分市场生产变革性药物。2014年,Caribou共同创立了Intellia Therapeutics公司,这家新成立的公司利用Caribou的CRISPR-Cas9技术平台开发基因治疗药物。
Agenovir
Agenovir主要依靠斯坦福大学科研团队和联合创始人Stephen Quake的学术基础进行技术开发,该公司计划使用包括CRISPR/Cas9在内的计算工程核酸酶破坏胞内病毒DNA预防感染以及接触胞内病毒的逆转录。该公司隶属于强生JLabs @SSF生物技术孵化器。
前斯坦福大学博士后,清华大学王建斌以及香港科技大学的Angela Wu同时也是Agenovir的合伙人。
Editas Medicine
成立于2013年9月,总部位于美国马萨诸塞州坎布里奇市,是一家生物医药行业的明星公司,专注于开发精准基因编辑和治疗致命性遗传病的技术。5名创始人均出自美国名校,他们是张峰、Jennifer A. Doudna、George Church、J. Keith Joung和David R. Liu。值得指出的是,张峰和Jennifer A. Doudna是CRISPR技术的发明人,因为,Editas Medicine也当仁不让的成为基因编辑技术先驱。
2016年1月4日,Editas Medicine向美国证券交易委员会(SEC)提交了IPO申请,准备在纳斯达克上市,发行价16-18美元,股票代码为EDIT。2月3日,EDIT作为美国2016年的第一宗IPO正式登陆纳斯达克,从而成为基因编辑“第一股”。