X 注册生物链会员

扫描二维码关注生物链
万人汉族女性全基因组测序成为世界最大种族基因资源
来源:测序中国   发布者:左丽媛   日期:2017-04-13  

近期,来自英国牛津、中国华大基因以及美国相关机构的研究人员,在国际学术权威刊物 NATURE 出版集团旗下子刊《Scientific Data》杂志发表了题为“11,670 whole-genome sequences representative of the Han Chinese population from the CONVERGE project”的文章。在这项研究中,研究人员使用重度抑郁症(MDD)CONVERGE(China, Oxford, and Virginia Commonwealth University Experimental Research on Genetic Epidemiology)联盟中 11670 名中国汉族女性的全基因组测序数据(低覆盖度)。这些样本来自中国 23 个省 58 家医院,构成了全世界最大的种族全基因组测序资源。基于这些数据,一共得到了 2 千多万个高质量的基因组 SNP 位点,目前为止是东亚人群最大的 SNP 数据集。基于这些人群 SNP 变异信息,可以成功开展对于重度抑郁症的全基因组关联分析。此外,结合其他群体的数据,还可以进行进化遗传学等方面的研究。

此前,来自英国牛津大学、台湾长庚大学、华大基因和美国弗吉尼亚联邦大学的研究人员,在 Cell 子刊《Current Biology》发表题为“Genetic Control over mtDNA and Its Relationship to Major Depressive Disorder”的成果。研究发现,线粒体 DNA(mtDNA)的数量会发生改变,以响应外部压力:与对照组相比,重度抑郁者的唾液和血液中有显著更多的 mtDNA。在这项研究中,研究人员基于 10442 名中国汉族女性的低覆盖度全基因组测序数据,对 mtDNA 水平进行了第一个全基因组关联研究(GWAS),以探寻什么可能参与了调控 mtDNA 水平的分子通路。研究人员计算了映射到线粒体基因组中的标准读取数,作为 mtDNA 数量的一个衡量。该研究中确定了有助于 mtDNA 水平的两个位点:一个是在 TFAM 基因中,一个是在 CDK6 基因中。这两个位点是在一个独立的阵列中复制的。因此,CDK6 是参与控制 mtDNA 的一个新分子。研究人员确定了 MDD 女性中异质性的增长率,利用小鼠模型从一个实验范式中发现,这种增加可能是因为压力。此外,该研究发现,至少有一个异质性变异与 mtDNA 数量的变化显著相关,从而表明位点特异性的异质性可能是压力和 mtDNA 数量增加之间的一个关联。这些结果指出,线粒体基因组拷贝数和序列,参与了机体对压力的响应。

相关新闻