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计算机视觉技术帮助人们发现老药物的新疗效
来源:麻省理工科技评论   发布者:左丽媛   日期:2017-02-06  

 一家初创公司利用计算机算法来帮助研究者理解细胞结构,从而发现现有药物的新用途。

现在计算机软件已经能够识别图片的内容,通过这项技术人们可以在网上搜索照片,警察能够在视频中搜索犯罪嫌疑人。这项技术同样适用于尚无对症药物的疾病,它可以简化寻找这些疾病相应治疗手段的过程

“通过将机器人技术和计算机视觉技术结合起来,我们可以大范围地同时对上百种疾病开展研究工作,而且只需要很少的人来完成这项工作。”Gibson说。他是这家只有40人的初创公司Recursion Pharmaceuticals的CEO和创始人之一。

图片显示的是经过修饰的为脊髓性肌肉萎缩症建模的细胞。这是一种罕见的遗传性疾病,通过软件可以分析细胞的结构。

Recursion Pharmaceuticals公司利用软件读取那些对细胞进行自动药物测试后产生的大量筛查结果。其实这算不上一种新方法,但是该公司利用算法对细胞进行了超乎寻常的细致检查。这个软件会对一个细胞的上千种特征进行测定,比如细胞核的尺寸和形状或者不同细胞内区域间的距离等。

在该公司位于盐湖城的实验室里,自动显微镜每周都能产生成百上千的图片,提供给图片识别软件进行详细检查。这些图片上都是人类的细胞,而这些经过修饰的细胞被用于遗传疾病建模。Recursion Pharmaceuticals公司的员工正在对2000多种化合物进行测试,希望能从其中找到一种可以将病变的细胞变成健康细胞。

Recursion Pharmaceuticals表示,他们已经找出15种颇具前景的针对罕见疾病(指在美国患者数少于20万的疾病)的治疗方法。据统计,约10%的美国人受到罕见疾病的困扰,其中大部分病症都缺少相应的治疗方法。

他们发现的一种药物或在今年年末进入临床试验阶段,用于治疗会引起脑损伤的大脑海绵状血管瘤,在美国已有6万人罹患此病。该公司预计,他们的另外三个治疗方案能够在明年获得美国食品药品监督管理局(FDA)的初级批准,进入试验阶段。

该公司只针对已有药物(而非新开发的药物)进行测试,希望能发掘它们的新疗效。Recursion Pharmaceuticals还与制药巨头Sanofi合作,对已经完成研发或临床测试但尚未上市的药物进行测试。

这家初创公司目前已获得1900万美元投资,投资者包括Obvious Ventures公司(Twitter创始人之一创立的风投公司Evan Williams)。

Recursion Pharmaceuticals使用的图像处理软件最初由AnneCarpenter的实验室开发,该实验室隶属于美国哈佛-麻省理工的博德研究所(the Broad Institute of Harvard and MIT),主要研究方向是从生物图像中提取信息。她认为,Recursion Pharmaceuticals的战略能够发现现有药物更多的疗效,并且不需长期投入大量资金去研究某种疾病的机理。该公司在寻找相应治疗方法的疾病,基本都属于目前在细胞和分子层面还没被很好理解的疾病。

“这种研究思路的妙处在于,他们不需要深入研究一种[疾病]细胞表现出来的所有细节特征到底意味着什么,他们只需要找到能够治疗这种疾病的办法。”Carpenter说,她是该公司的顾问。她同时认为,对潜藏生物信息进行后期挖掘,意味着工作能够更加专注和有效。

David Swinney是罕见疾病药物研究所的CEO,他说,Recursion Pharmaceuticals发现了Carpenter的软件一个极具价值的应用方式,该软件之前主要用于基础研究。但他认为,不从疾病生物特性入手这一思路,是否真的能够帮助人们更快找到疾病的治疗方法还有待商榷。理解一种疾病的机理以及它将产生何种变化仍然是一个挑战。

Gibson说,这就是为什么Recursion Pharmaceuticals要和设备完善的制药公司合作,来开发现有药物的潜在疗效。他还打赌说,随着时间推移,自动化实验室产生的数据会变成一种资源,通过软件能够挖掘其中的信息来解释为什么某些药物会产生疗效,或者引导人们对有前景的方法进行深入研究。


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