Menu
立即报名

课程介绍Meeting calendar


第一部分

1 微生物组测序及实验设计

2 微生物组数据标准和数据质量控制

3 微生物组数据管理

4 微生物组大数据分析平台的使用介绍

第二部分

一. 微生物组学研究趋势与方法

1 单菌不同水平(如DNA、RNA、蛋白等)的研究趋势和方法

2 如何利用这些组学研究的内容

二. 序列组装和功能分析---DNA水平

1 基于组装好的序列进行组分(基因、功能元件、非编码RNA等)和功能分析

2 微生物测序数据分析内容和方法

三. 微生物基因组

1 微生物基因组学的发展历史和前沿科学问题

2 微生物群落和宏(元)基因组学

2.1 微生物群落的动态平衡

2.2 人体微生物群落特征

2.3 微生物群落和疾病

第三部分 高通量时代的宏基因组学研究

一. 生物信息学分析结果解析

1 测序结果评估,数据统计、OTU 聚类、稀释性曲线(Rarefaction curve),指数分析(Alpha-diversity)、OTU 分类学分析(Taxonomy)

2 群落结构及丰度分析:Shannon index 曲线、Rank_abundance 曲线、样本群落组成分析、样品 OTU 分布 Venn 图、Heatmap 图

3 分类学和进行关系分析:系统发生进化树、UniFraction PCoA、UnifracTree、NMDS、 RDA/CCA

二.生物信息学数据分析工具

1 序列质量控制(quality control): fastqc

2 序列组装(Metagenomic assembly tool): MetaVelvet; Meta-IDBA; Genovo; Bambus 2

3 Short read alignment and mapping to reference genome: Bowtie; BWA; SOAP3; mrsFAST

4 多样性分析(Microbial diversity analysis): MLST; Axiome; PHACGS

5 功能注释(Functional annotation): RAMMCAP

6 基因注释( Gene annotation/gene calling ) : FragGeneScan; MetaGeneMark; MetaGeneAnnotator

7 聚类(Binning): TETRA; MetaCluster; Phymm

8 一站式服务器(Automated platforms/servers for comparative and functional analysis): MG-RAST; MEGAN 4; CAMERA; GALAXY

三. 宏基因组勘探(Prospecting metagenomes):

1 Substrate induced gene expression (SIGEX)

2 Metabolite regulated expression (METREX)

3 Product induced gene expression (PIGEX)

四. 案例分析,大型宏基因组项目

1 Human microbiome

2 Earth Microbiome

×
留下姓名电话和邮箱,邀请函直接发送到邮箱
*姓名:
* 电话:
* Email: