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生物信息学最新技术——微生物专题培训班
来源:生物链   发布者:尹海华   日期:2017-04-18   今日/总浏览:4/2256

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各有关单位:

微生物作为地球环境中的一大类生物群体,每种微生物都有其独特的功能。微生物学(microbiology)作为生物学的分支学科之一,在诸多领域都发挥着举足轻重的作用。中国生物工程学会作为国内最大的综合性生物学研究机构,为推动我国微生物学的发展,提高从业人员的技术水平,更好地促进专家学者们在研究中的分享和交流,应广大行业工作者的要求,中国生物工程学会和中国科学院微生物研究所网络信息中心联合主办“生物信息最新技术--微生物专题培训班“,由北京中科润开生物科技有限公司具体承办。培训班采用理论和演示相结合的教学形式,使学员在短时间内对微生物研究中涉及的知识和方法得到迅速提升,同时学员与授课专家进行现场交流与咨询,探讨在平时工作、研究中的瓶颈问题,以拓宽自己的研究思路,共同挖掘微生物资源的研究价值和应用前景。具体事宜通知如下:

一、培训特色:

主题明确,针对性强,理论和实践结合,主讲与学员研讨的方式进行

讲师拥有丰富的微生物数据分析和项目执行经验

课下主讲老师为您所遇到的问题提供个性化解答

配合研究中所需的要点,围绕实际研究中常用的软件展开;

学员通过与专家直接交流,能够分享到顶尖学术机构的研究经验和实验设计思路。

二、培训对象:

大中专院校生命科学、生物信息、生态学、生物计算、医学;对生物信息有一定了解的

在校教师,研究生、博士生及科研单位从事该领域的研究人员

三、时间地点: 2017年5月5日——5月9日

(时间安排:第1天报到,授课4天)

中国科学院微生物研究所 A203

四、培训内容

一、微生物组学研究趋势与方法

1、单菌不同水平(如DNA、RNA、蛋白等)的研究趋势和方法

2、如何利用这些组学研究的内容

二、序列组装和功能分析---DNA水平

1、如何利用和比较illumina和454数据在序列组装上的优缺点。

2、如何利用Sanger测序的结果进行PCR补洞

3、基于组装好的序列进行组分(基因、功能元件、非编码RNA等)和功能分析

4、微生物分析内容和方法

5、讨论如何联合DNA和RNA分析结果形成真正的trans研究

三、微生物基因组

1、微生物基因组学的发展历史和前沿科学问题

2、 微生物群落和宏(元)基因组学

2.1 微生物群落的动态平衡

2.2 人体微生物群落特征

2.3 微生物群落和疾病

3、病原菌泛基因组学和进化研究

3.1 微生物基因组的特征

3.2 基因相互作用网络的结构

3.3 生态环境与种群基因组进化

4、病原菌转录组和单细胞研究

4.1 单细胞研究的必要性和需要注意的问题

4.2 病原菌在压力条件下,单细胞的基因表达和调控

5、从微生物基因组学的角度理解病原菌致病性

5.1 致病菌的基因组特征和进化

5.2 微生物群落对致病菌的控制作用

5.3 环境因素诱导基因表达对致病性的影响

一、高通量时代的宏基因组学研究

1.应用于宏基因组学研究的 NGS 平台

1.1Roche/454 GS FLX Titanium

1.2HiSeq 2000

1.3PacBio RSII

2. 实验流程

2.1实验设计

2.1.1 Amplicon-based: 细菌 16S rRNA,古菌 16S rRNA,真菌 ITS, 真菌 18S

2.1.2Whole meta-genome or whole meta-transcriptome

2.2 建议测序量

2.3样本采集流程,水体、粪便、肠道内容物、土壤、物体表面、口腔

3. 生物信息学分析结果解析

3.1测序结果评估,数据统计、OUT 聚类、稀释性曲线(Rarefaction curve),指数分析

(Alpha-diversity)、OUT 分类学分析(Taxonomy)

3.2群落结构及丰度分析:Shannon index 曲线、Rank_abundance 曲线、样本群落组成 分析、样品 OUT 分布 Venn 图、Heatmap 图、PCR 主成分分析

3.3分类学和进行关系分析:系统发生进化树、UniFraction PCoA、UnifracTree、NMDS、 RDA/CCA

4 生物信息学数据分析工具

4.1序列质量控制(quality control): fastqc

4.2序列组装(Metagenomic assembly tool): MetaVelvet; Meta-IDBA; Genovo; Bambus 2

4.3Short read alignment and mapping to reference genome: Bowtie; BWA; SOAP3; mrsFAST

4.4多样性分析(Microbial diversity analysis): MLST; Axiome; PHACGS

4.5功能注释(Functional annotation): RAMMCAP

4.6基因注释( Gene annotation/gene calling ) : FragGeneScan; MetaGeneMark; MetaGeneAnnotator

4.7聚类(Binning): TETRA; MetaCluster; Phymm

4.8一站式服务器(Automated platforms/servers for comparative and functional analysis): MG-RAST; MEGAN 4; CAMERA; GALAXY

5 宏基因组勘探(Prospecting metagenomes):

5.1Substrate induced gene expression (SIGEX)

5.2Metabolite regulated expression (METREX)

5.3Product induced gene expression (PIGEX)

6 案例分析,大型宏基因组项目

6.1Human microbiome

6.2 Earth Microbiome

五、主讲专家:

主讲专家来自中科院等科研机构的高级专家,拥有丰富的科研及工程技术经验,长期从事生物信息领域项目研究,具有资深的技术底蕴和专业背景。

六、颁发证书:

学员经培训考试合格后可以获得:

由中国生物工程学会颁发的《生物信息工程师》培训证书

注:请学员带两寸彩照2张(背面注明姓名)、身份证复印件一张。

七、报名办法及费用

每人¥4500元(含报名费、培训费、资料费、考试费、证书费),食宿可统一安排,费用自理。请各有关部门统一组织本地区行政、企事业单位报名参加培训,各单位也可直接报名参加,报名回执表请传真至会务处。

八、联系方式:

电话/传真: 010-56234741

报名邮箱:zky_im@vip.126.com

监督电话:010-64807385-8012




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